三个月后，木叶村火影大楼最近设立的暗部办公室内，身穿便服的绳树坐在主位之上，与几个穿着背带制服带着动物面具暗部谈话。
自从三个月前的那场木叶高层会议之后，绳树便立刻走马上任，正式成为了暗部部长。
由于绳树携大胜之势凯旋而归，职位也是由三代亲自认并或得了所有高层的一致认可，对火影绝对忠诚的暗部成员没有一人对此任命表示任何异意。
在三代的见证之下，所有暗部成员非常干脆地向绳树效忠，全程的开启感知秘术没发现任何负面情绪。
其过程之顺利，让绳树都不禁怀疑自己到底是不是穿越主角！按照一般套路这时候不是应该有不开眼的反派主动跳出来主动挑衅，在被自己打脸之后怀恨在心，然后再上演一番长达数十万字的背叛、阴谋、仇杀等狗血剧情吗?
虽然发觉现实与自己的想像完全不同，但是绳树对于这个结果还是欣然接受。
正所谓新官上任三把火，绳树在完成交接之后，只花了一夜时间便将所有暗部成员的资料研究了一遍，并利用系统为每一个人建立了专门的详细档案，将他们的各项能力、性格、任务情况、人际关系都记录其中。
所以在第二天暗部会议之上，平日里以神秘著称的暗部成员，发现新任的上司对他们每一个人都非常了解，甚至有一些事情连他们自己都已经记忆模糊，但是对方却一清二楚。
这种被人摸透的感觉，会让所有人产生敬畏之感，尤其是对他们这种注重隐藏身份的暗部来说，这种感觉尤为强烈。
绳树虽然说话时的表情非常阳光温和，但是不经意间流露出的浓厚杀气，让一众久经厮杀的暗部都不禁汗毛直立，甚至头冒冷汗。
绳树随便小露一手之后，便将所有暗部全都慑服，原本个别人由于绳树的年龄原因而残留在本能中的轻视也立刻消失得无影无踪。
他们认识到这位天才上司，无论是在实力还是地位上都可以轻松碾压自己。再联想到这位在涡之国战场以一已之力屠灭数千忍者的残酷手段，自己如果不尽心效命，不止会影响前途，恐怕连小命都会有危险。
在确立自己的威信真正收服了所有部下之后，绳树便立刻按照自己的想法对暗部进行改革！
在三代火影以及白牙这位出色的老牌暗部队长的内外配合下，绳树对暗部的改革进行得非常顺利，这三个月以来已经卓有成效。
火影大楼内的这间暗部办公室便改革的成果之一，原本暗部由于直属火影统领，所以一直没有如同根部一样设立独立的总部基地，或者说他们的总部就是整个火影大楼，这也是原著中总可以看到暗部小队在火影办公室内神出鬼没的原因。
绳树在接手暗部之后的第一件事，便是在木叶村内的战略要地选定了一个隐蔽的地点，建立了起了暗部的总部基地。
这处基地占地面积庞大，而且大部分空间都在地下，其间布满了各种严密的结界与陷阱，无论是天空还是地下，基地周围百米范围内的360度空间没有一点死角！就算是绳树的蜉蝣之术也很难在不惊动任何人的情况下无声无息地潜入！
除了严密的防御措施之外，总部内各种设施都非常齐全，集训练，战斗，生活，办公为一体！光是机密资料库的规模就可以与火影大楼相媲美！
暗部资料中，除了暗部收集的情报与秘密档案之外，还存有暗部传承下来的各种秘术！而绳树更是慷慨地将千手一族的各系忍术的复本放入其中，并立下了严格的内部功勋兑换制度，以供暗功成员兑换修炼！
平日没有任务之时，暗部成员便可以在总部内各自修练，而且绳树还立下规定所有暗部成员在空暇之时，每三天至少要在总部内参加一次集体训练！
这一规定受到了所有暗部成员的一致拥护，他们再也不用像以前一样没有任务之时只能待在火影大楼里浪费光阴。
这样一来不仅可以增强实力，还可以熟悉同僚之间的战斗式，培养整个部队的默契与几率，让暗部真正成为一支王牌特种部队。
虽然总部已经建立，但是由于暗部还担任了保护火影与木叶安全的主要任务，所以绳树在火影紧贴办公室的隔壁建立了一间暗部办公室。不仅可以作为暗部明面上的办公地点掩人耳目，而且方便保护火影的安全和接收火影命令，其功能与前世的警卫室相似。
另外绳树接收暗部之后，发现整个暗部的内部机构划分非常粗略，只有简单分队与队长单位，各分队也没有明确的分工！这中简单的构架怎么可能真正撑起暗部这种功能多样权力部门?
所以绳树立刻对暗部的内部机构进行改革，虽然绳树对于这种部分管理没有任何经验，但是前世除了动漫之外，各种谍战片也看了不少！
虽然对于我党地下组织的具体结构一直不太了解，但是对于某党的特务组织确是耳熟能详！
于是绳树干脆就效仿某统的结构再结合忍界的情况，为暗部山寨了一个结构体系。
首先每四到五名暗部成员组成组成小队的基本单位不变。
在部长之下情报组与行动组两个部门。
而后情报组又分为：军事情报大队，安全情报大队，通讯情报大队。
行动组分为：警卫大队，刺杀大队，审讯大队。
这两组六大队除了专业任务不同之外没有高下之分，而且要求保有相同的正面战斗力，具体功能可以顾名思义，就不一一解释。
按照绳树的计划，各大队由30到40个暗部小队组成，且每十个小队组成一个中队由一名中队长统领，整个暗部的成员至少千人，未来如果条件允许，他还会在本国与敌国城镇建立分部。
分部的结构与总部类似，但是规模要小上是被，分部的最高长官叫作“站长”。除了与绳树这个部长以示区别之外，也是为了满足他自己的恶趣味。
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