听了这三个问题，袁崇焕一时语塞，无言以对。
朱由检以为他默认了，就命满桂脱去衣服显示所受之伤，那意思是指责袁崇焕蓄意而为。
袁崇焕这才声辩：“当时满桂在城北激战，臣在城南激战，互不相干。满桂受伤，与我何干？”
但现在问题已经不是满桂的问题了，那只是个借口，就算袁崇焕说关他屁事，也不顶用。朱由检大声下令：“着锦衣卫拿掷殿下！”锦衣卫一拥而上，把袁崇焕的朝服脱去。
随即他便被押解到西长安门外的锦衣卫大堂，投入了镇抚司监狱。
朱由检演了这么一出，内外震惊。特别是当场的祖大寿，大为惊讶，以至于浑身战栗，举止失措。
在一旁的内阁大学士成基命细心地观察到了祖大寿的“心悸状”，立即顿首请求皇上慎重慎重再慎重，并且说，敌人还在城下，不能逮捕最高指挥官。（时皇太极主力已退，但遵化等重镇仍在后金手中。）
连周延儒也极力劝谏：“临敌易将，兵家所忌。”
朱由检回答道：“势已至此，不得不然。朕把辽东事务托付给袁崇焕，他身为督师，对于胡骑如此猖狂，事前一点都没有预防，导致敌军深入内地，虽然日夜兼程赴援，但坐误战机，功不抵罪，暂时革职，听候审查。”
袁崇焕玩完了，明眼人心里早就清楚了，但是朱由检这时逮他，时间不对，这是大部分大臣的看法。当然不能说出来，说出来就是质疑皇上的英明。
“平身吧。”
朱由检嘘了一口气，赵谦也嘘了一口气，今天好像不关自己的事。他心有余悸地想：身居高位，压力不小。
有些时候，朱由检可以对袁崇焕很好，可以要什么给什么，可以把自己的衣服脱下来给他穿，而有些时候，比如现在，直接送大牢里蹲着吧。
人本来就是变化中的事物，什么一生一世，一万年，海枯石烂，都是幻想中的自娱罢了。
周延儒身为内阁首辅，稳定京师局势的职责不容推卸，现在袁崇焕被逮，后果严重，周延儒这时立即奏道：“袁崇焕获罪，各路勤王将领由谁来统领？请皇上示下。”
朱由检看了一眼一身是伤忠义可嘉的满桂，说道：“提拔大同总兵满桂总理军务，节制各路勤王之师。”
朱由检一直惦记着怎么弄倒袁崇焕，此时心力憔悴，有欠深思，这样干无异于火上浇油，因为没有考虑到辽东将领的逆反心态。
孙承宗立即道：“皇上，遵化等重镇尚在东夷之手，辽东军队没有了主帅，不是战败就是溃散。今日的上策，只有释放袁崇焕来维系军心，让他立功自赎，又可以保存辽东的劲旅。”
袁崇焕和孙承宗有师生之谊，朱由检怀疑是孙承宗有私心，想为袁崇焕求情，遂沉吟未答，况且他费了那么大劲弄倒了袁崇焕，没有再放他的道理。
朱由检道：“此事下午再来冬暖阁商议。”
下午时分，接到召见令的只有内阁大臣等重臣，赵谦等非权力中心的人自然去不了。
谁接任勤王军主帅的问题，孙承宗提议袁崇焕复出，梁廷栋不以为然：“辽兵有祖大寿在，不至于溃散。”
孙承宗说：“哪里有鸟巢倾翻雏鸟可以保存的道理？祖大寿一介武夫，决不会屈从。”
周延儒问道：“你担心祖大寿会反叛？”
孙承宗干过辽东经略，对这些事太有经验了，十分肯定地点了点头。
周延儒再问：“几天之内？”
“不出三天。”
事态的发展果然不出孙承宗所料，辽东将士平素对袁督师十分感恩戴德，祖大寿又与满桂积怨甚深，袁督师被逮，要祖大寿听满桂节制，激起辽兵不满。祖大寿唯恐遭到连累，在十二月初四日早晨，悍然率领辽兵东行，踏上回归宁远之路。
这一突发事件引起朝廷的震惊，敌兵还未完全退去，一支最有战斗力的劲旅撤走，后果不堪设想。
朱由检心力憔悴，一连几个晚上都没睡个安稳觉了，手下的带兵将领在皇帝的圣旨面前，拍屁股走人。他愤怒的同时，心中隐藏着深深的无奈，朝廷武力疲惫，稍微能打的辽东铁骑全是骄兵悍将，这些兵还是自己的吗？
孙承宗见了皇帝说道：“祖大寿并没有反朝廷之意，只是害怕由袁督师牵连到他们。要想召回祖大寿，非得有袁崇焕的手书不可。”
朱由检叹了一口气，说言之有理，看了一眼梁廷栋：“你等运筹何事？动辄张皇失措，事情既然可行，还不赶快去办！”
于是内阁六部一行高官赶忙来到监狱，对袁崇焕多方开导，袁崇焕执意不肯：“祖大寿之所以听我的话，因为我是督师，如今已是罪人，哪里还能得到他的信任？”
孙承宗自然不信，心道你翅膀长硬了，在老子面前唬谁呢？
“你只手擎辽，生死早已置之度外，天下之人莫不佩服你的忠义，谅解你的心情。作为臣子，只要有利于国家，不惜献身。死于敌人与死于律法，究竟哪一个更值得呢？”
袁崇焕这才欣然从命，当即给祖大寿写了书信，言辞极其恳切，要他顾全大局。
朱由检立即派专人拿着袁崇焕的书信去召回祖大寿。信使星夜疾驰，终于在距离锦州一日路程的地方追上了祖大寿一行。祖大寿下马捧读袁督师的书信，泣不成声，全军上下一起痛哭。随军同行的祖大寿老母问明缘由，果断地说：“走到今天这个地步，是因为失去了袁督师。幸好还没有死，你何不立功为他赎罪，乞求皇上赦免。”将士们听了踊跃欢呼，祖大寿这才下令退回北京。
朱由检闻讯，大喜过望，顿时又闪现出重新起用袁崇焕统领辽兵的念头，甚至还说：“守辽非蛮子不可！”事情似乎有了转机。
大学士孙承宗也在从中斡旋，一方面希望皇上对祖大寿的行动予以谅解，另一方面送去一封密信，劝祖大寿赶快向皇上检讨，表示愿意立功为袁督师赎罪。祖大寿终于取得了皇帝的谅解。
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