四年初，不出所料，福建塘报八百里加急递传京师。海防游击五虎大将军郑芝龙因与福建巡抚李貌不和，兵变。李貌畏罪，携款逃亡南洋。
朝廷议策，急召正在湖南平息暴乱的户部尚书毕自严回京。朝廷何以会召毕自严，是因他善水战，并有经验。
天启元年，清兵打下辽阳，关内告急。朝廷令毕自严担任天津巡抚，整备海防。熊廷弼经略辽东，建“三方布置”之策，天津为其中重要一方，毕自严兼领京东防卫。他用戚继光遗法，设置水军，修造战舰，沿海设置炮台，亲自主持水军练习陆战，使天津武备大大增强，成为辽东前线的可靠后方、北京坚固的屏障。不久，天津督饷侍郎出缺，朝廷进毕自严右都御史、户部左侍郎，催督辽饷并兼领天津巡抚，直到天启五年。
毕自严万历二十年弱冠时进士及第，授松江推官。他年少有大才，尤善于综理复杂的经济事务。先后任刑部主事、工部员外郎、淮徐道参议、河东副使、洮岷兵备参议、陕西右布政使，泰昌元年升为太仆寺卿，跻身九卿之列。
朱由检登基之后，毕自严先后出任过兵部尚书，吏部尚书。三年，温体仁借李林贵案，抓住首辅周延儒的把柄，将其赶出京师，温体仁把持内阁，改武英殿，吏部尚书。毕自严改户部尚书。
崇祯四年初春，京师无雪，人说“大雪兆丰年”，一个冬天没有下雪，四年恐又有旱灾，京师笼罩在阴霾之中。年开头，福建又有兵获，朱由检气得吐血，几经调理才稍微康复。
毕自严风尘仆仆赶到紫禁城，却听说首辅欲对福建用兵，毕自严伏倒在大殿之上，嗷掏大哭，皇帝好言慰之，询问计将安出。
不料毕自严指着温体仁的鼻子大骂奸臣误国，庙堂为之哗然，清流拍手称快。
“民日月告凶，旱潦存至，师旅所处，疫蔓为殃，上干天地之和，下丛室家之怨。辽东兵凶，西北祸乱，湖南又起民变，今欲对福建用兵，兵饷两缺，将从何出？”
毕自严认为应该重新起用邹维涟，与郑芝龙和谈，促成南海稳定。温体仁自然不会同意，他怕和谈来和谈去，捅出与李貌之间的交易。李貌是逃跑了，到时候牵连到温体仁，福建的祸首还得温体仁担待。
再说用李貌出任福建巡抚，是温体仁一力举荐的，他不愿意承认用李貌是个错误，只一味咬定是郑芝龙心存反心，图谋不轨，必须弹压。
兵部尚书梁廷栋是温体仁提拔的人，也响应温体仁的号召，主张对福建用兵，请增天下田赋，在旧增五百二十万两之外，再增新饷一百六十五万。
朱由检对郑芝龙造反愤怒异常，不愿和贼人妥协。妥协不容易，我大明泱泱大国，太丢面子。故批准兵部尚书所请。
毕自严条上十事，提出补救措施，请崇祯注意百姓已到了家家悬釜的境地，请酌减天下赋税，以使小民有升斗之蓄。当然，他的意见崇祯皇帝无法接受。
朱由检召毕自严回来，是因为他善理财，要他想办法筹钱。赵谦那样杀鸡取卵的干法，朱由检不觉得好，虽得了四百万军饷，却使首辅换人，朝中牵连，几乎血流成河。而且朱由检感觉到，温体仁做首辅之后，朝政情况更糟，但是他也没有办法。觉得毕自严靠得住些，就叫他回来主持财政，却不料毕自严一回来却挑起了另一轮党争，朱由检心中非常不高兴。
温体仁与幕僚商议，认为毕自严摆出一副为民做主的样子，是想拉拢清流，周延儒旧党，窥欲首辅之位，必须铲除之。
下面的人充分领会了温体仁的精神，于二月寻到了毕自严把柄，其门生青浦知县郑友元未完成税收定额，毕自严却袒护之，在户部官吏考核上写郑友元完成了七成。
二月中旬，温体仁通过筹备，伺机弹劾毕自严。
一日早朝，因陈琦瑜在山西败绩连连，却月月上疏缺这缺那，朱由检问毕自严户部钱粮，毕自严报出数目捉襟见肘，朱由检心情维和。
吏部给事中随即弹劾毕自严袒护离任时没有完成税收任务的青浦知县郑友元。崇祯帝很是恼怒，问毕自严怎么回事。毕自严回说郑友元离任时已完成了七成。崇祯皇帝不信，派人查帐，结果发现一两未交。
朱由检对毕自严这种说谎不脸红的行径愤怒异常，大骂道：“官员欺上瞒下，天下官员尽可杀！”
“尽可杀”三个字在大殿之上久久回荡，震得人心惊胆颤。
王承恩即传旨：“摘去毕自严头上乌纱，脱去圆领。着锦衣卫拿下！”毕自严被逮捕，投入了镇抚司大狱。
朝廷下旨，命西北总督孙传庭为西北经略，统领西北五省军务。将洪承畴召回京师，商讨平定郑芝龙事宜。
孙传庭以前是杨阁老的人，杨阁老倒台了，不属任何阵营，毕竟是封疆大吏，又远离朝廷，周延儒要对付他不容易，还没来得及整倒孙传庭，周延儒也倒台了，温体仁上位不久，也没去动这些封疆大吏。
洪承畴以前虽不是周党的人，却和周延儒有利益关系，想联合对付野心勃勃的杨阁老，便和周延儒走得很近。温体仁对洪承畴没有好感，但是他的根基始终没有前任首辅周延儒深，不敢轻举妄动。
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