在强大的舆论压力下，万历帝决定派遣御史前往辽东查明真相，此时立场显得相对中立的熊廷弼就被推了出来。
到达辽东后，熊廷弼在那里展开了长达半年的实地调研，最后查清了李成梁和赵辑放弃领土、驱民迁徙的全过程。
不懂党争，或者说不愿意参与党争，只担忧国家利益的熊廷弼十分气愤，列举出了李成梁和赵辑的八大罪状，并上疏要求对其进行严惩。
理想很丰满，现实很骨感，实际上完全清楚其中内幕的万历帝朱翊钧当然没有理会严惩这个说法。他甚至没有将熊廷弼的奏章下发给大臣讨论，而是直接下了一道诏书，称赞李成梁“镇辽年久有功，应予以恤典”，然后就让李成梁体面地“退休”了。
这是朱翊钧分不清是非曲直吗？当然不是，这只是一种权术上的折中，算是给了东林党一个说法，又不至于彻底得罪齐楚浙三党。
事实上，他是故意维持朝廷内部的党争局面，使双方都无法摆脱皇权的控制，相应的也就不能形成合力对皇帝过多的干涉。归根结底，这背后是君权与臣权的较量。
严惩意见虽然没被采纳，但是熊廷弼倒也没有丧失积极性，他很快又对辽东进行了实际的军事考察。
当时辽东的土地上，明朝、漠南蒙古和女真三大军事势力相互斗争，且停留在或战或和、关系不明朗的阶段。然而，尽管局势暧昧不明，熊廷弼却清醒地认识到，努尔哈赤领导下的建州女真给明朝带来的威胁要远远大于蒙古。
他指出，蒙古虽强盛，却“不过抢掠财物，无远志”，而建州女真饮食性情与明朝相近，“志在我土地”——后来的事实显然证实了这一点。
为了更好地防御努尔哈赤领导的建州女真，熊廷弼提出了整顿军纪，实内固外，以夷制夷的主张。而在任期的三年里，他也是这么执行下去的。
辽东疆域先后修建起了七百多里的城墙和大批的城池墩台，高高筑起了一道防线。大片荒地被开垦出来并种上了作物，辽东的粮食收成每年达到了上百万石之多，于军于民都是功德。
由于熊廷弼深知此时辽东明军因为援朝抗倭等战争的损耗，实力已然大不如前，因此他主张军队以守为主，得到了整肃军纪，提高战力，保存实力的机会，整体力量得以缓慢恢复。
在这样的情况下，哪怕是有着枭雄之志的努尔哈赤，也不得不重新审视自己的计划，转而蛰伏了起来。
万历三十九年，熊廷弼在辽东的任期期满，奉命改差南直隶督学。然而就是在这之后，熊廷弼与东林党多起纷争——这不奇怪，督学南直隶嘛，跑去人家地盘上了。
就任南直督学期间，熊廷弼因“所拔皆名士，所进皆寒微，所黜皆是乡绅津要子弟而东林弟子居多”，而越发得罪了东林党，至此深陷党争，难以脱身。
不久后，纪律严明又脾气暴躁的熊廷弼因为棒打生员致死，被东林党人抓住了把柄。在遭到弹劾后，他立刻被撤去了官职，只能居家赋闲多年。
而这个时候，已经建立后金政权的努尔哈赤就趁机在辽东发起了“萨尔浒之战”。代替熊廷弼镇守辽东的杨镐率领十二万明军与努尔哈赤的八旗军展开了厮杀，却因为众所周知的那些原因，落得了惨败的结果。
自此之后，大明一再丢失原有优势，变得被动了起来。随着事态发展越来越糟糕，“收拾辽东残局”已然成为大明官员避之不及的烫手山芋。
在这种情况下，赋闲在家多年的熊廷弼终于被想了起来，接到了起复的命令。救国心切的熊廷弼没有去权衡其中的利弊，在接到“辽东经略”的任命后，他带病昼夜兼驰二百余里，赶到了辽东。
为了整肃军纪，振奋军心，安定人心，尽快恢复辽东的军事防御能力，应对敌袭，熊廷弼在朱翊钧的支持下，开始在辽东进行了大刀阔斧的军事改革。
他先是向朝廷请示，征调来了各地的部分精锐明军和物资，解决了最紧张的问题。后又亲赴辽东各个重镇巡视，给辽东原本的军民打了一剂强心针。而曾经临阵脱逃和贪赃枉法的将领也被他处死，取而代之的是一批表现相对优秀的将领。
这样一来，不到一年的时间，他就重新在辽沈要地构建起了一条固若金汤的防御战线，而辽东明军也开始呈现出了将领求战心切、士卒士气高昂的良好局面。这里边的成效，从不久后熊廷弼两次战胜进犯辽东的努尔哈赤来看，有非常直观的证明。
同时这也说明一件事，朱翊钧对大局是有把控的，也如以往一样知道谁才是真正能办事的臣子，并一如既往地在启用之后敢于放权。
然而很可惜，就在辽东这边呈现一片大好形势的时候，远在千里之外的朝廷又开始了一场前所未有的权力重组。
不到三个月的时间里，万历帝朱翊钧与之后即位的泰昌帝朱常洛接连死去，天启帝朱由校冲年继位，朝中党争更加激烈，甚至连远在关外的熊廷弼也不能幸免。他很快就被东林党派的言官弹劾下台，而东林党派的袁应泰则接替他出任辽东经略。
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