这是在蒙古成吉思汗设立的万户制，和蒙古习惯的会盟制基础上设立的，是有很大基础条件的，结合清八旗制度，建立一套盟旗制度。
既是笼络各部，也是分化控制。
定制于皇太极，成熟于多尔衮，发展为六处会盟，也就是内札萨克蒙古六盟。
蒙古的万户部，是一种很不错的军事组织制度，以百户、千户、万户这样的层级结构，可以快速凝聚和分散游牧部落的家庭组织，还不会怎么影响日常单独的游牧生活。
蒙古人游牧最大特点就是独立地放养畜群，特别是马群，如果畜群相距太近或是畜群太大，都会增加相互间竞争，从而导致畜群数量、质量下降等。
而如果规模较小，相对孤立的部落，又容易受到其它部落的攻击，这也是草原上部落之间经常交战的原因。
所以围绕着草场，部落间总是矛盾不断，后来成吉思汗时建立百户千户万户制度，推行的是疯狂的对外扩张的模式，通过征服其它地区，获得更多的草场。
到了明末的时候，蒙古早就已经分裂倒退，以族姓为代表的部落制度，重新占据了统治地位，内部斗争和分裂加重。
差不多就是蒙古失去了中原集权，回到了部落割据时代。
后来建州女真对蒙古右翼分化拉拢，逐个击破，科尔沁部土谢汗表示顺从后，皇太极趁势派大臣与科尔沁十旗会盟，议定和颁布了有关出征、驿递及审案等方面的事务，这是清廷主导下的正式会盟，这次会盟还规定了会盟时间、地点及职责等。
随着后来建州军事上的节节胜利，越来越多漠南蒙古各部归附满清，他们对蒙古的控制也加强。
到了后面，满清对蒙古诸部进行迁移、打散等方式，把一些大部落迁分成许多小部落，甚至由几个不同部落的小部落组成一个旗，然后再由不同部落的旗，组成一个盟。
入关前，定下三处会盟，每三年一次，入关后，又增加三处，形成六盟。
每次会盟派大臣主持，而各盟、旗，都由清廷册封盟长、旗长札萨克等，又实行联姻制度，宣扬满蒙一体。
满清的这个盟旗制度推行的很顺利，关键一是会盟有蒙古传统的基础，二来是满清保障了蒙古部落王公贵族们的利益，特别是通过上层的联姻，让蒙古也成功进入了统治阶级。
而其旗的编制本身，也适合蒙古部落的游牧特点。
在明末清初，蒙古内战不斗，特别是林丹汗意图武力强行征服诸部，恢复蒙古大汗中央集权的那一套方式，引的诸部不满，而夹在明清战争中，蒙古诸部也大受损失，最终被女真半打半拉的招抚，也是理所当然了。
相比起以前明朝简单的给归附的蒙古、女真部落设卫，满清的这种盟旗制度明显要先进一些，干涉管理更深，影响力控制力也自然更强。
盟旗制度与西南土司制度，其实还是有很大区别的，是按照各地不同传统因地制宜而制订的统治制度。
“首辅若是担忧蒙古、女真部落不肯归附，那么先礼后兵，先打后抚，招抚后将他们适当的拆分重组，迁地安置，置都护府，定期会盟。下设都督府，划界游牧，朝廷委蒙古王公们为都护、都督，同时朝廷派长史、司马等去任职，负责协助比丁、户口登记、诉讼裁决、进贡、互市、驿递等事务。”
在一些重要的地方，比如说承德、大宁、平泉、赤峰、察罕等地，朝廷设立屯镇，甚至建立省城、府城、县城等，沿交通要道或是主要的河谷，建立一条驿路，沿驿路不仅设立驿馆递铺，还要建立军堡兵站，移汉民屯垦放牧等。
就跟以前大明对云贵地区的统治开发一样，册封土司，但同时设立驿路，沿驿路设卫所驻军，移民安置。
只要能打通一条路，维持这条交通线，那么也就能够初步把整个地区都给控制起来。
这条线，由一个个节点组成，这节点可以不断的扩增。连点成线，以后还能再开枝散叶，建立新的支线。
“告诉张国维，既然拿下了辽沈，那就一鼓作气，继续出击，先把辽河平原扫平，然后周边山区，还可以向上游的东西辽河地区进军，那些不肯归附的蒙古、女真，都可以扫平。”
“那些愿意归附的，既要适当安抚，也要顺势拆分重编成都护、都督府，朝廷还在那些地方，择一些要地，设立军堡屯镇等。”
皇帝最终还是选择了朱大典的方案，辽东、辽西、渤海、承德、宣化、绥远，关外六省。
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