目前商家军己经发展到了师一级的编制，一个标准师下管辖着三个团。商家军的第一师和第二师都己经树旗成立，一个留守在浙江，另一个驻守在登州。
因为在以后师将成为商家军的主要作战单位，因此必须对每个师的兵力结成，做一些调整，使其配置更为合珵，充份的发挥战斗力。商毅也作出决定，将每个每的三个团分为两个主战团和一个辅助团。
主战团将全由火枪兵组成，并将逐步淘态火绳枪，全部都使用燧发枪，同时毎个团还配备六十门中小型野战火炮，中型和小型火炮的比例为一比二，毎个营十五门，以加强作战火力。
而辅助团里又分两个后勤营，和二个火炮营，毎一个后勤营将配有三百辆车，三百匹马驴，不仅责任运送全军的粮食，还要保障充足的弹药供应。而火炮营将配备四十到六十门火炮不等，将以中型火炮为主，并辅以少量的重型火炮，中型火炮和重型火炮的比例也三比一，另外还配三十到五十架管风琴枪车，在战斗中为主战团提供火力支援，在暂时不给辅助团配置火枪，但等以后军工发展了，辅助团也将都配上火枪，因此还兼有预备队的作用。
每个师的兵力配置就是这样，至于其他侦察兵、骑兵，在一般情况下，都不配备，而是在战前，从其他队伍中抽调搭配。同时商毅还发送一份配置标准到登州，让二师的师长周少桓，也按照这个标准，来组建第二师。
接着商毅又下令，命六团去替换守卫苏州的第五团，把五团调回杭州，并以四团、五团这两个团为核心，组建商家军的第三师和第四师。力争在今年内，浙江地区的三个师都将整编齐全。
因为这次北京之行还得到了不少马匹,因此商毅也决定，从中选出一批充当战马，将骑兵团扩大升级为骑兵旅，仍然由杨武丞担任旅长。而侦察兵团不变，原来的两名团长，周琦和吴汉生各有新的安排了，因此侦察团的团长就由段鹏担任，商毅的卫队另选其他人。
同时商毅也对军队的制服也进行重新设计，步军的军服还是墨绿色，而骑军为红色，海军为深蓝色。
在士兵的装配上，一个标准步兵的武器是一支带刺刀的火枪，两到四颗拉弦式手榴弹和六十发定装子弹，手榴弹和子弹都用一个防水的牛皮包装好。
而骑军分为轻骑兵和重骑兵两种，不过商家军的重骑兵和传统的重骑兵慨念不同，所穿的盔甲和轻骑兵差不多，只是胸甲略厚一些，战马也只是在头部，颈部，正面装上铁甲，实际上重骑兵同样据有很强的机动性和速度。而轻骑兵和重骑兵的武器配置，都有一支带护手盘的长矛，一把马刀，一柄单刀。另外轻骑兵还会配五把短柄飞斧。而下一步，商毅还打算给骑兵配上短管火枪。
只有海军的装配最简单，海军分为士兵和水手两类，水手付责操作战船以及火炮，因此都不配盔甲和火枪，所用的武器也只是短刀或水手斧，而士兵则付责海战中的接舷战，或者是登陆作战，也和步军一样，装配护甲和火枪，但一般情况下不配手榴弹。
而这一次军队的重点调整是在海军，商家军的海军成立己有大半年时间，既使不算西班牙雇佣海军，总人数己达到五千五百多人，其中基地成员为一千二百多人。目前己经拥有各种船只一百八十余艘，包括西式战船有五十二艘。论规模己不算小了，但因为海军一直都处于草创和训练阶段，因此暂时还对海军进行分类整编，各艘战船也没有命名。而现在海军虽然还沒有进行过一次战斗，但也出航参加过几次任务，也应该正式整编。
商毅首先把海军的船只进行分类，大致分为主力战船、铺助战船、运输船、哨船四个大类。所有的西式战战船全都划归为主力战船；铺助战船包括有两艘一千料福船，六艘六百料福船和六艘四百料福船、二十二艘苍山船、十八艘艟矫船；运输船有五十五艘，全是褔船；哨船有十八条，包括十二艘开浪船和八艘飞剪船。
同时又把主力战船分为五个等级，两千五百料以上为一级；两千料至两千五百料为二级，一千五百料至两千料为三级，一千料至一千五百料为四级；一千料以下为五级。一级和二级都称为战列舰，三级称为巡洋舰，四级称为驱逐舰，五级称为护卫舰。这个分类也是大体参考稍后一些时间，英国对战舰分类的标准。毎艘船设船长一名，大副一名，其余职位根据各船的大小不等，各自不同。
战船的名称，商毅决定一级战列舰以中国古代名将的名字来命名，二级战列舰，以中国神话中的神兽命名，而现在商家军的一级战列舰还没有，二级战列舰也只有“银河”号一艘，也就不改名了，等以前造出了新的战列舰，再按这个标准命名。
三级巡洋舰也是以后重点发展的类型，以后也会是数量最多的一种战舰，因此就以天罡地煞星来命名，不过现在商家军只有六艘巡洋舰，分别命名为：天魁号、天罡号、天机号、天闲号、天勇号、天雄号。
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