十月三曰,第一、二、三、七军的军长成进、罗远斌、杨武丞、段鹏四人，还有长江舰队的统领黄震，都赶到了杭州。而商毅也立刻招开了军事会议，开始正式布置进攻南京的军事行动。
现在商家军在江南一线的兵力分布为：
第一军辖第一、五、七、二十、二十三师，第一、五、十九旅。其中第五师己随跨海突袭舰队出征，现在共有四个师、三个旅，总兵力六万四千人左右。除了二十师驻守杭州之外，其余都驻守在广徳、宜兴一线。
第三军辖骑兵师、第十五、十九师，第六、十七旅，共计总兵力四万五千余人，现在都驻扎在常州府一线，只有十七旅驻守在苏州。
第七军辖特种兵师，第十师，第十六、十九、二十一旅，但特种兵师中抽出一个团，参加跨海突袭，现在总兵力为三万一千人左右。驻守在浙南，衢州、严州一线。
商家军在浙江的兵力总计为十四万左右，另有六个预备旅。
而驻守扬的第二军，在将三旅划归第六军之后，现在辖第三、四、六、十七师，第十三、十八旅，总计兵力为五万七千人左右。
同时还有长江舰队，大小战船一百零三艘，辅助战船六十二艘，总兵力一万三千多人。
这样算起来，商家军投入收复南京战役，要投入四个军，一支水军，总兵力将可以达到十五到十八万左右，这也是商家军有史以来，在一场战役中，投入兵力最多的一战，而且还是水陆两线的协同作战。全军包括商毅在内，也是第一次指挥这么多的军队。
不过战前的各种粮食、弹药、帐蓬、车辆、药品等物资都己经基本的准备齐全，另外还征调了四十万民夫，供应战事的运输所用。各方面的工作也是千头万缕，既繁锁，又复杂。好在是现在叶瑶瑱产后恢复得还不错，已经可以开始理事了，因此政务方面不需要商毅操心，同时还把王夫之和李松晨都解放出来，可以全意投入到战事的后勤供应中去。
这一次招来四位军长，是商议决定俱体的军事计划，众人经过了仔细的讨论之后，作出最终的决定，整个收复南京的军事计划将分三个阶段进行：第一阶段由第一、二军，加上长江舰队联合作战，首先要攻取镇江，直接危胁南京；第二阶段甴第一、七军合力作战，攻取宁国府，第三军将从和州出兵，渡江进攻太平府，而第二军付责牵制南京的清军，长江舰队付责封锁南京一带的长江水道，完成对南京地区的彻底包围；而第三阶段就是集中全部兵力，全力进攻南京城。
计划制定好之后，罗远斌、段鹏都返回自己的军中，准备部队，暂时待命，而成进、杨武丞、黄震三人还留在杭州，继续商议进行镇江的俱体作战方案。
算起来商家军己经对镇江发动过两次进攻，不过前两次的主要目地是牵制南京的兵力，并不是真正要夺取镇江，而这一次，就要全力进攻镇江了。镇江是南京东面的门户，地理位置十分重要，因此也是清军守卫南京的重点一线，在这里布置了三万清军驻守，火炮五十余门，火铳兵四千多人，
而且一但镇江受到攻击，南京都会立刻派出人马来救援，因为镇江离南京只有一百二十多里的路程，如果是急行军，从南京发来的援兵，一天就可以赶到镇江。
而针对这些情况，商毅决定，第二军除了驻守苏州的十七旅之外，其余兵力全部出动，共计三个师、一个旅，三万八千多兵力，沿运河出兵，经丹阳县、丹徒镇，从东面进攻镇江；第一军出动第一、二十三师，第一、五旅，共计三万五千多兵力，从宜兴出兵，经溧阳、金坛、句容县，从南面进攻镇江，并且付责阻挡南京的援军，留下五师、十九旅分别驻守广德州和宜兴县。长江舰队也全部出动，在仪真县附近集结，阻挡清军的水师救援镇江。
成进、杨武丞、黄震是十月五日离开杭州，返回各自的驻军，这时各部队的兵力都就已经都集结好了，在十月七日，第一军首先出兵，向镇江府发动了进攻，在十月八日，第二军也从常州出击，而长江舰队在十月十日，也从静江、通州等地开拔，逆江而上，向镇江推进过来。
这次进攻镇江，商家军共计出动了七万三千左右的兵力，和长江舰队的全部兵力，和前两次进攻镇江的战斗相比，完全不可同日而语。
而且这一次出兵之前，在向全军作动员工作时，也正式提出“逐驱鞑虏，收复南京”的口号，尽管一般的士兵对当前的局势并不一定都了解，但也清楚南京是原明的两都之一，是一座意义不同寻常的城市。甴其是去年底、今年初参加过南京战役的士兵，听到这个口号，也都十分兴奋，攒足了一口劲，一定要把南京再夺回来。因此全军上下的士气极为高涨，各条战线的攻击都极为猛烈，尽管清军在镇江府布置了重兵防守，但也挡不住商家军的猛烈进攻，节节败退。
在十月十日，第一军首先攻下了溧阳和金坛两县，而在十月十一日第二军也攻下了丹阳。十月十五日，第二军又攻占了丹徒镇，正式逼进到了镇江城。而就在同一天，长江舰队的先锋，第一分舰队也到达到镇江至高资县一线的江面上。
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