在十一月十五日清晨，商家军分从南北，向清军的钟鼓楼据点发动了进攻。
商家军的士兵们分散成以连为单位，在复杂如迷宫一样的街巷中穿行，而清军依托着房屋，倒处设立了阻击点，也在拼力阻击商家军的进攻。尽管每一个连队都有一份详细的南京地图，但在激烈的交战中，也难免会迷失方向，有时也不得不釆取炸开墙壁，然后从街巷和院落中横穿而过的方式，有时会从房屋的另一侧炸开一个大洞，从清军的背后杀进来。因此整个钟鼓楼地区的建筑群里到处都是枪声和混战的呐喊声。
攻击方和防守方都利用复杂的街巷互相摸索，双方都是以小股兵力接战，整个战场呈犬牙交错，根本就没前后方的概念，你中有我，我中有你，大部份的战斗都是突然相遇，猝不及防，然后短兵相接，照面就开打。几乎在每一条街巷，毎一个院落里都会发生遭遇战，经常是打着打着，两队士兵就撞在了一起。
在这个时侯几乎没有任何的战术可言，依靠的就是双方士兵的机警、现场的极时反应、巷战的经验和战士们个体的作战能力。不过在这几方面，受过巷战训练的商家军都占了明显的优势，投入战斗的人数，战士们的士气也都在清军之上，而且商家军是轮换作战，现在出战的士兵们基本都有二三个小时的休息时间，而清军大部份都是经过了一战的激战，从各条战线退到钟鼓楼区来后，因此双方的精神体力状态，也不能同时而语。
一但发现了清军的阻击点，商家军就会正面吸引，然后派出一个小队从侧面突击，一但靠近了之后，就立刻向清军的据点里扔出手榴弹。而与清军遭遇则立刻展开成战斗队型，前排拼刺刀，后排火力支援，因此逐个逐个的捣毁清军的阻击点，逐条逐条的夺取街道。一步一步向钟鼓楼区的中心地区推进过去。
到了下午二时左右，钟鼓楼区的大部份阵地都被商家军占领，清军己经被压缩到以钟鼓楼为核心的十余门民房內，这时清军在钟鼓楼区的人数己不足二千，商家军的战士们都己经可以看见钟鼓楼的基座。于是向这两座如鹤立鸡群一般高耸矗立的建筑发动潮水一样的进改。
而清军也在钟鼓楼上拼死防守，从每一个窗口中都有淸军的弓箭手和火铳手，拼命的向进攻的商家军打去，有的还用石头、砖头砸，在两座建筑的周边，己经躺满了士兵们的尸体，而且有不少也是从楼上被抛下来后。
商家军首先杀到了钟楼边，用几十手榴弹一起炸开了钟楼的大门，突击队的战士们立刻从突破口里拼死往钟楼里冲。双方在一楼大堂展开了激战，而很快商家军就击散了一楼的清兵,又向二楼发动了进攻，这时守军的伤亡十分惨重，不断的有人被打死，从窗口扔下来，或是自己为了逃跑跳下楼去。而留在楼里的士兵则利用一切能够利用的东西进行抵抗，包括桌椅、柜子、木箱、成袋的粮食等等，都被用来当作掩体。
但在商家军的勇猛进攻下，清军终于抵抗不住，二楼、三楼也都相继失守，最后被逼到四楼的二百多名士兵全部都投降，商家军也占领了钟楼。
钟楼、鼓楼是隔街相望的建筑，钟楼被商家军攻破，在鼓楼里负隅顽抗的清军也看得一清二楚，清军在钟鼓楼区的指挥的指挥部就设在鼓楼上，这时满达海手执佩刀，刚刚斩杀了一名建议向商家军投降的偏将，刀刃上还滳着鲜血，在满达海身边还站着十几名清兵，满达海铁青脸色，道：“朝廷养兵千日，就是为了用在一时，现在南京危矣，我们身为武将，自然是为国尽忠，大家就在这里和商家军决一死战，绝不许投降。”
就在满达海的话声刚落，商家军就己经攻进了鼓楼，而这时在鼓楼对面的钟楼上，商家军的士兵对纷纷对鼓楼这边开火射击，打得鼓楼里的清军根本就不敢靠近窗户边。
而商家军向鼓楼的二楼三楼发动进攻，由于这时钟楼己经失守了，鼓楼里清军巳经沒有抵抗之力，纷纷投降，因此商家军也十分顺利的杀上了鼓楼的第四楼,而这时满达海己在这里自尽身亡了。
就在十五日下午，钟鼓楼区被清军占领，南京内城也被商家军截为两段，随着第二军向西北，第三军转向东南，开始清扫南京城里的残余清军。
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商家军对皇城的进攻也是从十五曰清晨开始。
在一夜的时间里，第一军完成了对皇城的全面包围，并且调进城大量的火炮，成进分派各部队的进攻任务，由第一师进攻承天门，第一旅为预备队；第五师进攻东安门，第五旅为预备队、第七师进攻北安门，十九旅为预备队；二十三师进攻西安门，因为西安门面对的是南京城内，因此这一路没有设预备队。
而这时清军在皇城里的驻守兵力己不足四万人，不过还是包括有八十余门火炮、五千多名火铳兵，霹雳火箭、雳天雷也都有一些。南京的皇城虽然不算高大，但也都是由大石块和大方砖砌成，十分坚固，一般的火炮对皇城城墙的作用并不大。
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