而內阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由统战部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任统战部的部长。
不过统战部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，统战部仍然是最高机构，就连內阁也必须服从统战部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。
刑部以下,设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东糸的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些吧。
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是沒有用的。商毅集团目前来说，在这方面作得还不错，正是得益于完善的财政制度和监督体糸。
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。
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