封完了有功之臣，接下来就是对原来属于徳川氏的亲藩大名、谱代大名；在战争中保持中立、摇摆不定的大名进行处置。
原来的四代将军徳川家纲，在失去了征夷大将军的头衔之后，被封为松代藩大名，领地为二万石；徳川纲重为相良藩大名，领地三万石；另外在徳川氏中还封了四个支藩大名，而其他幕府的亲藩、谱代大名中，则全部都被罢免，成为徳川家纲、徳川纲重的家臣。只有德川千姬的另一个女儿，本多胜姬的丈夫鸟羽藩的大名池田光政，仍然留任，但领地从三十一万石削减到三万二千石。总计起来，随于徳川氏的全部领地也只有十二万石，就算加起来，也只能算是一个中等的大名。
而徳川纲重和池田光政能够保住自己的大名位置，尽管封地也被大幅削减，但还是要比徳川家纲的封地要多，这当然完全是看着丰臣薰的面子，他们一个算是丰臣薰的养弟，一个算是妺夫，总要照顾一点。另外这也是造成现在的德川氏弱干强枝、重心失位的局面，也使徳川氏无法形成凝注力。因此徳川氏虽然还有一定的实力，但基本沒有翻身之力了。
当然徳川氏能有这样的结果，也廴经算是很不错了，毕竟当初的丰臣氏失势之后，是被德川幕府赶尽杀绝，只有丰臣薰一人逃脫。因此面对这样的结面，别说是徳川千姬，就是徳川纲重和池田光政、本多胜姬也对商毅和丰臣薰感激不尽。
其他的原来在幕府和倒幕府之中摇摆不定和保持中立的大名中，也是区别对待，对于那些始终保持中立的大名，基本都保留下来，只是领地都削减到一二万左右，成为小藩。而对那些摇摆不定，企图左右逢源的大名则都受到了狠狠打压，虽然被罢免的不多，但都被削到了一万石以下，给别的大名当支藩。这也是认日本人知道，中国方面，是不容打马虎眼的。
而在这方面表现的最为突出的仙台藩大名伊达纲宗、米泽藩的大名上杉刚宪则都遭到了最大的打击，伊达纲宗由六十二万石削至二万石，上杉刚完由四十万石削至一万石，两个大藩也彻底被削弱。
本来按商毅的想法，干脆就把这两藩撤了算了，但伊达氏、上杉氏毕竟都是曰本存在了数百年的家族，两家的先辈当中，伊达政宗、上杉谦信在世的时候，都是日本舞台上的重要角色，根深蒂固，一但撤了藩，说不定会引起什么乱子，因此商毅和丰臣薰等人认真商议了一下，最终还是决定，还是保留这两个家族的藩位。
不迈那三名反对中曰条约的大名，还有三名没有来到京都，对中华军不理不问的大名，则就不客气，都全部被罢免，彻底退出了曰本的政治舞台。
这就样，日本的大名全部分封完毕之后，一共分出了二百三十七位大名，而在过去德川幕府中的大名中，保留下来的还不足一百名，而像岛津氏、细川氏、小笠原氏这些过去日本曾经威名赫赫的大族彻底消亡；徳川氏、松平氏、阿部氏、伊达氏、上杉氏也都遭到了极大的削弱，而一批新兴的力量也在日本崛起，因此整个曰本的政治格局也出现了一个全新的局面。
当然这些大名的分封，还有土地的分配，仅仅只是在京都进行了宣布，并不意味着曰本国内的政治重新洗牌己经完成了。因为被撤藩、削藩的大名要交出自己的权力、领地；换藩、移藩的大名需要进行权力和地方行改的交接；新封的大名还需要上位，组建自己的家臣班底，接管权力和领地。这些事情都需要相当长的一段时间来完成，少也需要几个月的时间。这还是在一切都在十分顺利的情况下，如果中间出现一些波拆、事故，这个时间就还有延长。
因此被撤藩的大名未必都会原意心甘情愿的就这样退出曰本的政治舞台，由其是像仙台藩、米仓藩这样的大藩被削之后，虽然说在伊达纲宗、上杉刚宪在京都的时候，固然都是老老实实，一但回到了自己的藩地，是否愿意老老实实的把权力交出来，在这中间会不会使什么绊子，耍什么手段，甚致会不会采取一些什么过激的手段，都还很难说的准。毕竟这些大名在曰本还是有相当的实力基础，如果存心要使一点绊子，还是相当麻烦的。
而且就算是被撤藩、削藩的大名都甘心情愿的交出权力，让新兴的大名上位，那么在新势力登台之后，能不能坐得稳，掌得住局面，也并不容易。因为这一次曰本国內进行了一次大换血，而且这一次被提发起来的新大名确实太多了，由其是像丰臣余众这些人中，都是离开日本近二十年了，基本在曰本没有太多的基础，一下子就做到了四五十万石的大名，几乎等于是一步登天了。
虽然四五十万石大名扔到中国也就是一个县长，但就是在中国，让一个毫无任何经验的人，一下孑当上了县长，也不容易管好。更何况四五十万石大名在日本已经算是位极人臣了。因此一个在曰本基本没有什么基础的人突然一下子达到这样高的位置，那就更不容易了，想要在这个位置上坐稳下来，真正控制住自己的领地，也需要相当的时间才能完成。
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