但却不是全无好处，舟山狭小之地，本就安排不了多少人，而郑成功计划把藩下士兵在琉球的家属迁来，如今走了许多人，倒是空出来房子和土地了。
郑藩的问题则比较复杂了，虽然郑成功把责任全盘推卸给了已经叛变的施琅，但不可否认的是，郑成功派遣施琅南下金夏，才造成金夏失守，满清渔翁得利的局面，延平藩负有主要责任，这个过程中，郑藩的陆地精兵损失殆尽，水师的家属也被屠杀大部，剩余的残兵军属被周氏兄弟带去了舟山，硬算起来，郑成功得打下金夏二岛，赔偿三万精兵和十万丁口给郑藩，才是两不相欠，但这是要郑成功的老命。
郑成功哪个都做不到，他甚至不能替郑藩重新夺回金夏，所以郑成功的意思拖，给他三五年时间，一定为郑藩报仇血痕补偿损失，但郑彩却是有些倦怠了，郑彩虽然是郑成功的堂兄，但是年龄与郑芝龙相仿，年纪日长，兄弟郑联死在了厦门，他也不想与郑成功斗来斗去，有了退出之意，但他却没有好的退路。
当初成立婆罗洲开发公司，郑藩受到其他监国系其他藩镇的排挤，仅仅占了百分之五的股份，前往婆罗洲显然不行，以往的老对手会反攻倒算，若是解散军队，去台湾做一富家翁，郑彩心有不甘，而这正是遂郑成功的心愿，他更是不许，而李明勋与之相商，给出了一个方案。
郑彩退出东南战场，脱离大明，不再对郑成功提任何补偿要求，但郑成功要把琉球全部领地交由郑彩，从此东南只有一个郑藩，那就是郑成功。
乍一看这是要了延平藩的根基之地，实际不然，琉球虽然富庶，却要受到整个日本的威胁，虽然在中荷密约之中，荷兰不得帮助日本出兵琉球，但荷兰人一直在想日本提供造船和火炮技术，日本也在积蓄力量‘收复’琉球，显而易见，再过几年，延平藩就要面临日本和东南两大战场，凭其实力，根本招架不住，只得放弃一个，琉球自然是被抛弃的那个，而这并非合众国愿意看到的。
琉球的变迁当初是配合合众国占领虾夷地，合众国当然也想再占琉球，显然与日本进行贸易，自然开战不得，但也不能眼看着其再占琉球，因此最好还是借助其他力量占据琉球，而郑彩部就是最好的选择。
因为涉及合众国的利益，李明勋没有再强硬，派出使者秘密调停谈判，最终三方达成一致。
首先，郑藩与延平藩合并，奉延平王郑成功为藩主，而郑成功则命郑彩永镇琉球，而这一点是公开的，在秘密环节，郑彩不得再派兵前往大陆，并且完全放开琉球与舟山之间的贸易，也不得触碰延平藩在琉球的固有利益。
当然，郑彩入主琉球之后，军政事务直接向李明勋的统帅部汇报，实际上，就是郑彩替合众国占领琉球，以便将来合众国拥有琉球，而李明勋则答应，允许郑彩另外一子改名之后在合众国经商，而且郑彩获得成为元老的机会。
实际上，郑彩已经退出了明清战争，秘密加入了合众国国籍，为合众国，也为他自己而战。
如此，东南之变所有的事情才全部解决，当然，这是在朱明朝廷内部，合众国与延平藩的问题才刚刚开始，在郑成功公然拒绝了加入抗清御虏统一阵线之后，元老院颁布了《与延平藩关系法案》，在这个法案之中，合众国宣布了对延平藩的封锁和禁运，而这一点的目的有三。
其一为报复郑成功在东南的胡作非为，挑起内战。
其二限制延平藩的实力扩张，以免尾大不掉。
其三对日本有个交代，毕竟中日目前是友好关系，而延平藩与日本处于战争状态，如果合众国与延平藩交好，那就会影响中日关系，一面是帮助似友非友的延平藩，一面是壮大自身，李明勋很容易做出选择。
按照颁布的《关系法案》，统帅部首先取消东南战区和江南战区，监国不存在了，东南战区自然也就没了，合众国有权利对江南、浙江和福建三省发动战争，而延平藩也有权利对山东、天津和辽东作战，双方不再划分势力范围，也不承认势力范围。
东南战区没了，配合东南作战的合众国江南战区也要撤销，合众国与延平藩只是战略盟友而不是真正盟军，双方最大的配合也就是共同对满清宣战，并且在对方开战的时候趁机发动攻势，像两广会战一样，组织盟军统一指挥就是妄想。郑成功对李明勋都不忿，更不可能接受其他人的指挥了。
江南战区撤销的第一步就是放弃崇明要塞，崇明要塞的最大意义是堵住长江口，不让清军水师出来，显然清军通过大运河机动，可以进出杭州湾，意义已经不大了，而且其原本是作为舟山防线的最前线，那个时候，为盟友监国而战，义不容辞，现在为延平藩而战，那就是热脸贴冷屁股，一厢情愿。
江南舰队也要进行改编，两支桨帆战队降低为一支，另外一支调拨北洋战区，风帆舰队加强两艘重巡洋舰，增强远海作战能力，泗礁山上的行政、司法等人员全部撤回台湾，泗礁山只留下赵三刀继续担任舰队司令兼守备长官。
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