江南战区的原本主要长官进行了调整，许长兴作为长老，回到台北担任重要职务，赵三刀继续留在泗礁山，总责一切，顾三在舟山之战中与清军辽东水师作战，受伤较重，而且年纪渐长，有些力不从心，退役前往台湾，担任台湾行政区海上警备队总长官，至于崇明要塞守备司令塔克图，李明勋给这位困守崇明达到十年之久的好汉子一年的假期，假期完成后，前往青岛，担任青岛要塞守备长官，解放出武行，组建陆军新的作战师。
当然，合众国并没有完全不讲情面，在放弃崇明之前，向延平藩提出由其接防，但郑成功选择了放弃，他也缺少兵力，除了缺兵，郑成功更没有信心在长江水道战胜满清水师。
未免崇明要塞为满清所用，乌穆率领陆战队发动了一场对崇明的登陆作战，将崇明守军与崇明三万多百姓一同撤离，并且拆毁了崇明要塞，郑成功也知道崇明拆除后，日后进出长江就很方面，也给予了配合，在杭州湾方向发动了袭击，牵制了满清的水师。
而除了江南战区撤销，另外就是严格限制国内商人与满清的走私贸易，以往东南各藩都做与满清的走私贸易，从合众国商人手中购买粮食、香料、木材、宝石等南洋货物，贩卖到大陆，购买生丝、丝绸、瓷器等中国商品，在这个过程中，满清官将、东南藩镇和中国商人都得利，而合众国却抽不到一点税，相反还要承担满清军力提升的损失。
延平藩主郑成功对以往东南藩镇这类举措是深恶痛绝，认为不仅损害抗清大业，还消磨军队的作战意志，但其主政东南之后，为了获得财力，也是大规模进行走私，直接打了自己的脸，现在一切结束了，元老院直接限制合众国船只前往包括舟山在内的东南岛屿，宣布不得主动前往延平藩势力范围进行贸易，经过东南海域前往青岛、济州、永宁方向的船只，货物必须记录在案，一旦到港之后，出现较大差距，则被视为走私，而在舟山方向，中国船只唯一能停靠的就是泗礁山港。
当然，延平藩可以主动派船前往台北采购物资，但粮食、铁、火药、棉布等一切军用民用物资，都必须要严格限量，数量根据舟山百姓数量而定，以免其购买之后，走私给满清。
但此举限制了中国海商，却限制不了国外海商，特别是荷、英、葡、西四个殖民国家，因为合众国有到港统计货物的制度，且对所有走私船只进行查处，所以这四个国家往往派遣商船直接从自己的港口或者中立国港口采购物资前往舟山贸易，只是因为船只有限，所以效率低下，成本提高，数量也大为降低。
但无论怎么说，比以往监国时代好的多，那个时代，东南藩镇是什么都敢往大陆走私，甚至包括火器弹药，而郑彩前往琉球之前，还揭发在中荷战争结束后，荷兰东印度公司还通过舟山向满清走私火炮，提供铸炮匠人和雇佣兵。到了延平藩时代，类似直接提升满清军队实力的走私休止了。
东南事了，抗清战争翻开了新的篇章，西南秦藩，两广二李，东南延平藩，三雄并立！
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